Організація функціонування територіальних природно-господарських комплексів, оптимізація природокористування, профілактика виснаження соціально та економічно значущих природних ресурсів, їх благ і послуг має спиратися на екосистемний підхід в управлінні соціально-економічним розвитком окремої території, регіону, держави. Проте дотепер воно здійснюється виключно з позицій переважання певного виду товарів (наприклад, нафти, газу, деревини та ін.) або послуг (транспортні магістралі тощо) без повного розуміння сукупних вигод і втрат не лише для природних екосистем, а й товарів і послуг, пов'язаних з їх функціонуванням (чисте атмосферне повітря; секвестрування вуглецю в ґрунті; водні, рослинні та інші ресурси). Крім того, за таких умов не враховуються і внутрішні взаємозв’язки екосистеми й територіальних природно-господарських комплексів – як міжкомпонентні, так і кожного з них окремо з системою, коли кожний елемент, підсистема чи її підрівень є частиною більш складних структур, перебуваючи у взаємообумовлених відносинах. Таке природокористування з чітко вираженою спеціалізацією на видобуток чи первинну обробку природних ресурсів призводить до порушення співвідношень між елементами власне екосистеми як природної бази соціо-еколого-економічної системи, відповідної розрізненості за всіма їх видами і функціями управління. Водночас домінуючим у цій сфері став відомчий підхід без урахування взаємодії, кореляційних зв’язків видів природних ресурсів, благ, послуг, а також секторів природокористування.

На противагу зазначеному, застосування екосистемного підходу в управлінні соціально-економічним розвитком регіону, ґрунтуючись на взаємозв’язку і взаємозалежності виробництва, екологічних процесів, середовища життєдіяльності людини та інтегруючи, таким чином, економіку, екологію й соціальні процеси суспільства, потребує відповідного наукового та практичного перегляду поняття регіону саме як об’єкта управління територіальною соціо-еколого-економічною системою. Тобто необхідно усвідомити, що параметри, котрі розглядалися раніше як зовнішні для територіальної соціально-економічної системи, наразі повинні стати внутрішніми. Отже, об’єктом екосистемного підходу в управлінні є сукупність основних структур, процесів, функцій, продукованих благ, внутрішніх та зовнішніх взаємозв’язків між компонентами природних систем територіальних природно-господарських комплексів і соціумом спільно з відповідною інфраструктурою як місцем життєзабезпечення та відтворення. Екосистемне оцінювання – процес параметризації стану, функціонування, розвитку екосистеми та компонентів її біотичних й абіотичних складових з урахуванням їх взаємодії та взаємозв’язків з метою визначення якості й потенціалу територіального природного середовища, екосистемних товарів і послуг, формування раціонального природокористування, забезпечення добробуту населення.

Уведення цього поняття в науковий термінологічний обіг поглиблює концепт екосистемного підходу. На часі усвідомлення доцільності виділення трьох основних етапів його реалізації – базового (першого), похідного (вторинного) та заключного управлінського (третього). Кожному з них притаманне власне коло проблемних питань, а отже, і завдань, що сформульовані окремими положеннями, які, по суті, є ітераційними кроками в циклі реалізації  екосистемного оцінювання, що доцільно розглядати як основні елементи розгортання цього методу та водночас його поетапні цільові установки. Останні можливо не лише послідовно, а й точково використовувати й адаптувати до конкретних цілей управління як практичні заходи. Слід зазначити, що окреслені ітераційні кроки, у свою чергу, інтегрують результати попередніх аналітичних експертиз та спеціальних оцінок відповідно до сформульованих у них завдань. Ця комплексність свідчить про складність їх реалізації та необхідність потужної підготовчої інформаційної і наукової роботи.

Для екосистемного експертного аналізу збитків, заподіяних унаслідок нераціонального використання та забруднення місцевих природних ресурсів, необхідно враховувати закономірності, що становлять основу функціонування природних біогеоценозів. 

Оцінка негативного впливу на екосистеми базується на двох основних альтернативних підходах, один з яких ураховує фактичну (якщо можливо, повну) оцінку завданого збитку, інший – попередні витрати на їх запобігання. Перший тип оцінок визначає фактичні збитки чи витрати, спрямовані на ліквідацію негативних наслідків дії на довкілля, другий – на потенційні збитки у зв’язку з негативним впливом. Робота над ліквідацією заздалегідь передбачених збитків прогнозує впровадження комплексу захисних заходів щодо їх недопущення.

Методичні підходи до екосистемного оцінювання збитків від залпових та інших аварійних забруднень водних ресурсів мають ґрунтуватися на таких положеннях:

1. Збитки доцільно диференціювати залежно від середовища потрапляння забруднюючих речовин у водні об'єкти.

2. Кількісні показники умовного навантаження на водні екосистеми мають визначатися окремо за кожним конкретним видом (джерелами) забруднення, враховуючи їх галузеву специфіку. За допомогою спеціальних поправочних коефіцієнтів еколого-економічної небезпеки можливо забезпечити порівняння забруднюючих речовин через їх масу й сумарно звести до агрегованого показника відносного навантаження на водну екосистему.

3. Необхідно здійснювати відповідне коригування визначених вище кількісних агрегованих показників на поправочні коефіцієнти зовнішнього впливу фонової забрудненості навколишнього природного середовища (стану водозборів, зокрема, ґрунтів, лісів, атмосферного повітря тощо).

4. Запровадження басейнового принципу управління водними ресурсами є необхідним підґрунтям для екосистемного оцінювання шкоди, завданої внаслідок забруднення.

5. Розробка принципово нового екосистемного підходу до оцінювання збитків від забруднення довкілля (водних ресурсів)  потребує відповідного нормативно-правового забезпечення з урахуванням сучасних євроінтеграційних викликів і процесів.

Екосистемне оцінювання втрат від розміщення твердих відходів може здійснюватися з метою: визначення їх загальної величини (а саме рівня – локального, регіонального, глобального); установлення збитку від втручання, що призводить до змін у стані екосистеми (зокрема, в процесі проектування, планування, страхування тощо); аналізу якісного та кількісного розподілу збитку як у цілому для суспільства, так й окремих груп населення; визначення потенційних джерел його компенсації.

У разі розміщення твердих відходів втрат зазнають такі складові екосистеми – земельні ресурси, повітря, водні об’єкти, флора та фауна. На сьогодні в Україні існує низка нормативно-правових документів, на методичні підходи яких можна спиратися під час оцінювання збитків зазначених вище екологічних складових. Згідно з цими підходами можливо обчислити збиток як його суму за окремими ресурсами, проте при цьому не враховується втрата таких функцій екосистем, як регулююча (асиміляція забруднення, регулювання клімату і водного режиму тощо) та естетично-культурна. Варто зауважити, що економічна інтерпретація цих функцій перебуває  на початковому етапі її розвитку.

Під час оцінювання збитків, заподіяних екосистемі в результаті  розміщення твердих відходів, необхідно враховувати такі складові: втрату вартості прямого (включає цінність споживання та неспоживчу цінність) та непрямого використання, а також  відкладеної альтернативи – вигоди від функціонування екосистеми, які можливо отримати в майбутньому; вартість існування, або пасивного використання, – цінність усвідомлення існування екосистеми. Найбільш розвиненою наразі є оцінка вартості прямого використання, в той час як інші досліджені недостатньо або практично відсутні.

Відділ економічних проблем екологічної політики та сталого розвитку